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Equipo de Singapur lanza la herramienta SNPdrug3D para cartografiar variantes genéticas de unión de fármacos en Nature Communications

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Photo by Myriam Zilles on Unsplash

Avanzar la medicina de precisión en Singapur a través de la genómica estructural

El ecosistema de investigación de Singapur continúa haciendo avances significativos en la medicina de precisión, con una nueva publicación que destaca los esfuerzos de colaboración entre la Escuela Médica Duke-NUS y otras instituciones líderes.

Comprender la farmacogenética y la respuesta a las drogas

La farmacogenética examina cómo las diferencias genéticas influyen en las respuestas individuales a los medicamentos. Las variantes de Missense, que alteran las secuencias de proteínas, pueden afectar la eficacia o la seguridad de los medicamentos. SNPdrug3D aborda esto mediante la integración de la biología estructural con los datos genómicos de la población de cohortes como SG10K Health y gnomAD.

La plataforma SNPdrug3D y sus capacidades

Desarrollado por investigadores como A.J. Malik y equipos de Duke-NUS, A*STAR Bioinformatics Institute y SingHealth, SNPdrug3D visualiza más de 1.17 millones de variantes cerca de sitios de enlace de fármacos en aproximadamente 6.000 complejos de proteínas-drogas.

La plataforma admite búsquedas por genes, proteínas o medicamentos, marcando sitios potenciales de resistencia temprano en el desarrollo.

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Photo by Christina Victoria Craft on Unsplash

Resultados del estudio Nature Communications

Publicado en Nature Communications, el estudio verificó experimentalmente los efectos de variantes seleccionadas en la unión de fármacos en proteínas como las kinases y las enzimas del citocromo P450.Un nuevo predictor para las variantes de la familia CYP superó las herramientas existentes, logrando una alta precisión en los conjuntos de datos anotados y basados en ensayos.

El papel de Singapur en la investigación global de medicina de precisión

Duke-NUS Medical School, en colaboración con SingHealth Duke-NUS Institute of Precision Medicine y otras entidades, aprovecha los diversos datos de la población de Singapur para mejorar la comprensión global de la variación farmacogenética.

Implicaciones para el desarrollo de fármacos y la práctica clínica

Al colocar las variantes en el contexto estructural, SNPdrug3D ayuda a identificar previamente los sitios donde las diferencias específicas de la población pueden afectar el rendimiento de los fármacos. Esto apoya el diseño de fármacos más inclusivo y las estrategias de prescripción personalizadas, especialmente relevantes para las poblaciones asiáticas subrepresentadas en muchos conjuntos de datos globales.

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Photo by freestocks on Unsplash

Futuro Outlook y aplicaciones más amplias

La integración de la herramienta con la infraestructura de medicina de precisión de Singapur coloca al país como líder en la traducción de las ideas genómicas en herramientas clínicas.

Ecosistemas colaborativos que impulsan la innovación

Las contribuciones de instituciones como la Escuela Saw Swee Hock de Salud Pública en NUS y los centros nacionales de salud subrayan el enfoque multidisciplinar esencial para tales avances.

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Sobre el autor

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Frequently Asked Questions

🔬¿Qué es SNPdrug3D?

SNPdrug3D es una herramienta web interactiva que asigna variantes de nucleótidos únicos de sentido a estructuras de proteínas, centrándose en su posible impacto en la unión de fármacos y efectos farmacogenéticos en poblaciones.

🏛️¿Qué instituciones colaboraron en el estudio?

La investigación involucró a la Escuela de Medicina Duke-NUS, el Instituto de Bioinformática A*STAR, el Instituto de Medicina de Precisión SingHealth Duke-NUS y socios, incluida la Universidad Nacional de Singapur.

💊¿Cómo apoya SNPdrug3D el desarrollo de fármacos?

Señala posibles sitios de resistencia en función de la variabilidad genética específica de la población, lo que permite a los desarrolladores anticipar problemas al principio del proceso de diseño.

📊¿Qué fuentes de datos se utilizaron?

La plataforma incorpora datos de la cohorte de salud SG10K de Singapur y gnomAD, que cubren variantes en más de 80.000 individuos asignadas a residuos de unión a fármacos.

🌏¿Por qué esta investigación es significativa para Singapur?

Fortalece la posición de Singapur en la medicina de precisión al abordar la diversidad genética en poblaciones asiáticas y apoyar estrategias de atención sanitaria personalizadas.

🌐¿Dónde puedo acceder a SNPdrug3D?

La herramienta está disponible a través de la plataforma del Instituto de Bioinformática A*STAR en snpdrug3d.bii.a-star.edu.sg, que ofrece características de visualización de secuencia y 3D.

🧪¿Qué validaciones experimentales se realizaron?

Se probaron variantes seleccionadas para efectos sobre la unión de fármacos en proteínas, incluidas cinasas y enzimas citocromo P450, lo que llevó a modelos predictivos mejorados.

🧬¿Cómo se relaciona esto con el programa nacional de Medicina de Precisión?

SNPdrug3D se alinea con los esfuerzos nacionales para integrar datos genómicos en la toma de decisiones clínicas, mejorando la personalización del tratamiento para los singapurenses.

🩺¿Cuáles son las implicaciones para la práctica clínica?

Los clínicos pueden utilizar información para anticipar respuestas variables a los medicamentos, mejorando la seguridad y la eficacia en la prescripción, especialmente para grupos de pacientes diversos.

🚀¿Hay planes para futuras expansiones?

Los investigadores anticipan agregar más clases de medicamentos y realizar una validación adicional en el mundo real para ampliar la utilidad de la herramienta en medicina de precisión.