Research Grant (RG)

Offer Description

PT VERSÃO

EDITAL PARA A ATRIBUIÇÃO DE BOLSAS NO ÂMBITO DE PROJETOS DE I&D

Bolsa de Investigação (BI)

Referência: [LISBOA2030-FEDER-00789400]

Encontra-se aberto concurso para a atribuição de 1 Bolsa(s) de Investigação (BI) no âmbito do projeto RESSONANCE – Representação e Análise de Redes Filogenéticas em Larga Escala, com a referência [LISBOA2030-FEDER-00789400], nas seguintes condições:

1. Área Científica: Engenharia Informática e de Computadores

2. Fonte de Financiamento: Programa LISBOA2030 / FEDER, através do Balcão dos Fundos

3. Requisitos de Admissão: Titulares dos graus de licenciado e de mestre em Engenharia Informática e de Computadores, inscritos em programa de doutoramento em Engenharia Informática e de Computadores.

São elegíveis os candidatos que cumpram o disposto na alínea a) do n.º 1 do artigo 2.º do Estatuto do Bolseiro de Investigação, na redação dada pelo Decreto-Lei n.º 123/2019, de 28 de agosto, e ainda os n.os 1 e 2 do artigo 6.º do Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e Tecnologia.

A prova de inscrição em programa de doutoramento deve ser efetuada até à contratualização, podendo o candidato juntar declaração de compromisso de honra em como cumpre os requisitos de inscrição em programa de doutoramento.

Caso a habilitação tenha sido conferida por instituição de ensino superior estrangeira terá de ser reconhecida por instituição de ensino superior portuguesa, nos termos do disposto no artigo 25.º do Decreto-Lei n.º 66/2018, de 16 de agosto, que aprova o regime jurídico de reconhecimento de graus académicos e diplomas de Ensino Superior, atribuídos por instituições de ensino superior estrangeiras, e da alínea e) do n.º2 do artigo 4.º do Decreto-Lei nº 60/2018, de 03 de agosto, devendo quaisquer formalidades aí estabelecidas estar cumpridas até à data do ato de contratação.

4. Outros Requisitos de Admissão

• Ser titular dos graus de licenciado e de mestre em Engenharia Informática e de Computadores;
• Estar inscrito num programa de doutoramento;
• Demonstrar experiência comprovada em modelos de dados baseados na web semântica, incluindo RDF, OWL, SPARQL e desenvolvimento de ontologias;
• Apresentar evidência do desenvolvimento de, pelo menos, uma aplicação web publicamente disponível na área da bioinformática ou da biomedicina;
• Possuir bons conhecimentos de programação e experiência em desenvolvimento web;
• Ter domínio das línguas portuguesa e inglesa, falada e escrita.

5. Fatores de preferência

Será dada preferência aos candidatos com:

• Experiência comprovada em tecnologias da web semântica aplicadas às ciências da vida;
• Experiência comprovada em bioinformática;
• Experiência comprovada em desenvolvimento de software científico e em projetos de código aberto;
• Atividades de investigação anteriores em áreas relacionadas.

6. Plano de Trabalho

O bolseiro desenvolverá atividades de investigação e desenvolvimento integradas no projeto RESSONANCE, nomeadamente a conceção, o desenvolvimento e a implementação do PHYLOViZ 3.0, uma plataforma web para análise, visualização e comparação de dados filogenéticos, suportada por modelos de dados baseados na web semântica e por algoritmos escaláveis à análise de dados filogenéticos de larga escala. As principais tarefas incluem:

• Investigação e conceção de modelos de dados semânticos para dados filogenéticos e genómicos;
• Definição e implementação de ontologias e de representações baseadas em RDF/OWL;
• Desenvolvimento de serviços e APIs de web semântica;
• Implementação de uma aplicação web interativa para análise e visualização filogenética, eventualmente reutilizando componentes já existentes;
• Integração de ferramentas e algoritmos, tanto existentes como desenvolvidos no âmbito deste projeto;
• Integração com bases de dados públicas biomédicas e de bioinformática;
• Avaliação experimental e testes de desempenho e de escalabilidade;
• Documentação e disseminação dos resultados;
• Disponibilização pública do software sob licença de código aberto.

7. Legislação e Regulamentação aplicável

Estatuto do Bolseiro de Investigação Científica, na redação dada pelo Decreto-Lei n.º 123/2019, de 28 de agosto; Regulamento n.º 950/2019, de 29 de novembro, publicado em Diário da República, n.º 241, 2.ª Série, de 16 de dezembro (Regulamento de Bolsas de Investigação da FCT, I.P.); Regulamento de Bolsas de Investigação Científica do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Despacho n.º 6905/2021, publicado no Diário da República n.º 134, 2.ª série, de 13 de julho; Decreto-Lei n.º 66/2018, de 16 de agosto (Regime jurídico de reconhecimento de graus académicos e diplomas de ensino superior atribuídos por instituições de ensino superior estrangeiras).

8. Local de trabalho

O trabalho será desenvolvido no Instituto Superior de Engenharia de Lisboa (ISEL), sob a orientação científica da Professora Doutora Cátia Raquel Jesus Vaz.

9. Duração da Bolsa

A bolsa terá a duração de 6 meses, com início previsto em 1 de janeiro de 2027, eventualmente renovável até ao máximo de 18 meses. Sobre nenhuma circunstância, a duração da bolsa poderá ultrapassar os limites nos termos dos n.os 3 e 4 do artigo 6.º do Regulamento n.º 950/2019, de 29 de novembro, publicado em Diário da República, n.º 241, 2.ª Série, de 16 de dezembro (Regulamento de Bolsas de Investigação da FCT, I.P.).

10. Valor do subsídio de manutenção mensal

O montante da bolsa corresponde a 1 359,64€, conforme tabela de valores de subsídios mensais de manutenção, fixados no anexo I do Regulamento n.º 950/2019, montante sujeito às atualizações que lhe sejam aplicáveis, nos termos do nº 2, do artigo 18º, do Regulamento n.º 950/2019, de 29 de novembro, publicado em Diário da República, n.º 241, 2.ª Série, de 16 de dezembro (Regulamento de Bolsas de Investigação da FCT, I.P.).

O bolseiro poderá ainda ser reembolsado do valor correspondente ao Seguro Social Voluntário, em caso de adesão a este regime.

11. Métodos de seleção

Os métodos de seleção a utilizar serão a avaliação curricular e, quando aplicável, a entrevista, de acordo com os seguintes critérios de avaliação e respetiva valoração:

(a) Experiência comprovada em modelação de dados semânticos e em ontologias – 30%;

(b) Desenvolvimento de aplicações web publicamente disponíveis em bioinformática ou biomedicina – 30%;

(c) Currículo académico e científico – 20%;

(d) Qualidade e relevância de projetos e resultados anteriores – 20%.

As candidaturas consideradas admissíveis serão pontuadas numa escala de 0 (mínimo) a 100 (máximo) pontos em cada um dos critérios de seleção.

Para efeitos de desempate, a ordenação dos candidatos será efetuada com base na classificação obtida na avaliação curricular e, caso o júri decida realizar entrevistas, na classificação final ponderada em 70% para a avaliação curricular e 30% para a entrevista.

A comissão de avaliação poderá ainda decidir não atribuir a bolsa, caso nenhum dos candidatos preencha as condições exigidas.

12. Composição do Júri de Seleção

O júri responsável pela seleção será constituído pela Presidente a Professora Doutora Cátia Raquel Jesus Vaz e pelos Vogais efetivos Professor Doutor Alexandre Paulo Lourenço Francisco e o Professor Doutor Luís Manuel Silveira Russo. Os Vogais suplentes serão o Professor Doutor Mário Nuno Ramos de Almeida Ramirez e o Professora Doutora Susana Vinga.

13. Prazo de candidatura e forma de apresentação das candidaturas

O concurso encontra-se aberto no período de 28 de outubro de 2026 a 10 de novembro de 2026, sendo apenas admitidas candidaturas dentro do prazo estabelecido.

As candidaturas devem ser formalizadas, obrigatoriamente, através de correio eletrónico para nucleo.id@isel.pt, em email com o assunto “Candidatura a BI - RESSONANCE-BI-01-2027”, contendo os seguintes documentos obrigatórios, em formato PDF:

• Curriculum Vitae (CV) do candidato;
• Carta de motivação;
• Certificado de habilitações;
• Certificado de inscrição em programa de doutoramento, válido e relativo ao ano letivo atual;
• Declaração de compromisso de Honra;
• No caso de candidatos com graus atribuídos por Instituições de Ensino Superior estrangeiras, registo de reconhecimento desses graus académicos e registo da conversão da respetiva classificação final para a escala de classificação portuguesa;
• Outros documentos e comprovativos considerados relevantes.

14. Forma de publicitação/notificação dos resultados

Os resultados da avaliação são divulgados através de lista ordenada afixada no sítio web do ISEL (www.isel.pt) no prazo máximo de 90 dias úteis a contar do termo de apresentação das candidaturas e o candidato(a) aprovado(a) notificado através de correio eletrónico.

Os candidatos são informados, em sede de audiência prévia, nos termos consagrados no Código do Procedimento Administrativo, do sentido provável da decisão final, podendo, no prazo de 10 dias úteis a contar desta notificação, pronunciar-se sobre esta decisão. No final do prazo fixado para audiência dos interessados e, no caso de ausência de qualquer resposta dos mesmos, a lista de seriação de candidatos converter-se-á em definitiva.

Da decisão final, os candidatos podem interpor reclamação no prazo de 15 dias úteis, ou recurso para o órgão executivo máximo da entidade financiadora no prazo de 30 dias úteis após a notificação de decisão final, de acordo com o previsto no artigo 12.º do Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e Tecnologia.

ENG VERSION

NOTICE FOR THE AWARD OF GRANTS IN THE SCOPE OF R&D PROJECTS

Research Grant (RG)

Reference: [LISBOA2030-FEDER-00789400]

A tender is hereby opened for the award of 1 Research Grant (RG) in the scope of project RESSONANCE – Representation and Analysis of Large-Scale Phylogenetic Networks, with the reference [LISBOA2030-FEDER-00789400] under the following conditions:

1. Scientific Area: Computer Engineering and Informatics

2. Funding Source: LISBOA2030 Programme / FEDER, through Balcão dos Fundos

3. Admission Requirements: BSc and MSc degrees in computer engineering and informatics; enrolled in a doctoral program in computer engineering and informatics.

Applicants are eligible if they comply with paragraph a) of n.º 1 of article 2.º, of the Research Fellow Statute as amended by Decree-Law n.º 123/2019, of August 28th, as well as n.º 1 and 2 of article 6.º of the Research Grant Regulations of the Foundation for Science and Technology.

The proof of enrolment in the doctoral programme must be made available until the contract is awarded. The candidate may attach a declaration of commitment stating that they meet the enrolment requirements for a doctoral programme.

If the qualification has been conferred by a foreign higher education institution it must be recognized by a Portuguese higher education institution, under the terms of the provisions of article 25.º of Decree-Law n.º 66/2018, of August 16th, which approves the legal regime of recognition of academic degrees and diplomas of Higher Education, attributed by foreign higher education institutions, and of paragraph e) of n.º 2 of article 4.º of Decree-Law n.º 60/2018, of August 3rd, and any formalities established therein must be fulfilled by the date of the hiring act.

4. Other Admission Requirements

• Hold a BSc degree and a MSc degree in Computer Science and Engineering;
• Be enrolled in a PhD programme;
• Demonstrate proven experience in semantic web-based data models, including RDF, OWL, SPARQL and ontology development;
• Present evidence of development of at least one publicly available web application in the field of bioinformatics or biomedicine;
• Have good programming skills and experience in web development;
• Have proficiency in Portuguese and English, spoken and written.

5. Preference factors

Preference will be given to candidates with:

• Proven experience in semantic web technologies applied to life sciences;
• Proven experience in bioinformatics;
• Proven experience in scientific software development and open-source projects;
• Previous research activities in related areas.

6. Work Plan

The scholarship holder is expected to carry out research and development activities integrated in the RESSONANCE project, namely the design, development and implementation of PHYLOViZ 3.0, a web-based platform for phylogenetic data analysis, visualization and comparison, supported by semantic web-based data models and algorithms scalable to large scale phylogenetic data analyses. The main tasks include:

• Research and design of semantic data models for phylogenetic and genomic data;
• Definition and implementation of ontologies and RDF/OWL-based representations;
• Development of semantic web services and APIs;
• Implementation of a web-based interactive application for phylogenetic analysis and visualization, possibly reusing existing components;
• Integration of tools and algorithms, both existing and developed in the scope of this project;
• Integration with public biomedical and bioinformatics databases;
• Experimental evaluation, performance and scalability testing;
• Documentation and dissemination of results;
• Public release of the software under an open-source license.

7. Applicable legislation and regulations

Statute of Scientific Research Grant Holder, as amended by Decree-Law n.º 123/2019, of August 28th; Regulation n.º 950/2019, of November 29th, published in Diário da República, n.º 241, Series II, of December 16th (FCT, I.P. Research Grants Regulation); Scientific Research Grant of Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Dispatch n.º 6905/2021, published in Diário da República n.º 134, Series II, of July 13th; Decree-Law n.º 66/2018, of August 16th (Legal regime for recognition of academic degrees and diplomas of higher education awarded by foreign higher education institutions).

8. Workplace

The work will be carried out at Instituto Superior de Engenharia de Lisboa (ISEL), under the scientific supervision of Prof. Doctor Cátia Raquel Jesus Vaz.

9. Duration of the Grant

The Grant duration will be 6 months, starting in January 1st, 2027, and may be renewed up to the maximium of 18 months. Under no circumstances shall it exceed the limits defined in n.º 3 and 4 of article 6.º of Regulation n.º 950/2019, of November 29th, published in Diário da República, n.º 241, Series II, of December 16th (FCT, I.P. Research Grants Regulation).

10. Amount of monthly maintenance allowance

The amount of the grant corresponds to 1 359,64€, according to the table of monthly maintenance allowance amounts set out in Annex I of Regulation n.º 950/2019, subject to any updates that may be applicable, under the terms of n.º 2 of article 18 of Regulation n.º 950/2019, of November 29th, published in Diário da República, n.º 241, Series II, of December 16th (Research Grants Regulation of FCT, I.P.). The fellow may also be reimbursed for the amount corresponding to the Voluntary Social Security, in case of adherence to this plan.

11. Selection methods

The selection methods to be used will be the curricular evaluation and, where applicable, the interview, according to the following evaluation criteria and respective weightings:

(a) Proven experience in semantic web data modelling and ontologies – 30%;

(b) Development of publicly available web applications in bioinformatics or biomedicine – 30%;

(c) Academic and scientific curriculum – 20%;

(d) Quality and relevance of previous projects and outputs – 20%.

Applications considered admissible will be scored on a scale from 0 (minimum) to 100 (maximum) points in each of the evaluation criteria.

For tie-breaking purposes, the ranking of candidates will be carried out based on the score obtained in the curricular evaluation and, should the panel decide to conduct interviews, on the final classification weighted 70% for the curricular evaluation and 30% for the interview.

The evaluation committee may also decide not to award the scholarship if none of the candidates meets the required conditions.

12. Composition of the Selection Jury

The jury responsible for the selection will be constituted by the Chair, Prof. Doctor Cátia Raquel Jesus Vaz and by the Permanent Members Prof. Doctor Alexandre Paulo Lourenço Francisco and Prof. Doctor Luís Manuel Silveira Russo. The Alternate Members will be Prof. Doctor Susana Vinga.

13. Deadline for applications and how to submit applications

The call is open between October the 28th of 2026 to November the 10th of 2026, and only applications submitted within the established deadline will be considered.

Applications must be formalized by email to nucleo.id@isel.pt, in email with the subject “Application for BI - RESSONANCE-BI-01-2027”, containing the following mandatory documents in PDF format:

• Curriculum Vitae;
• Motivation Letter;
• Proof of registration in the doctoral programme, valid for the current academic year;
• Declaration of Honor;
• In the case of candidates with degrees awarded by foreign Higher Education Institutions, record of recognition of those academic degrees and record of the conversion of the respective final classification to the Portuguese classification scale;
• Other documents and evidence considered relevant.

14. Form of publication/notification of results

The final results of the evaluation will be published through an ordered list posted on the University’s website (www.isel.pt), within 90 working days after the final date of submission of the application, and the successful candidate will be notified by email. For the purposes of prior hearing of interested parties, the deadline of 10 working days is set, as provided for in the Code of Administrative Procedure. At the end of the period for hearing the interested parties, and in the absence of any response from them, the list of candidates will become final. Candidates may lodge a complaint against the final decision within 15 working days, or appeal to the maximum executive body of the funding entity within 30 working days after notification of the final decision, in accordance with the provisions of article 12.º of the Research Grants Regulation of the Foundation for Science and Technology.

Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, 26/10/2026

O Presidente do ISEL – Professor Doutor José M.P. do Nascimento.

Where to apply

E-mail: nucleo.id@isel.pt

Requirements

Research Field: Computer science » Computer systems

Education Level: PhD or equivalent

Additional Information

Website for additional job details: https://www.isel.pt/servicos/investigacao-e-inovacao/oportunidades/bolsas-de-investigacao

Work Location(s)

• Number of offers available: 1
• Company/Institute: ISEL
• Country: Portugal
• State/Province: Lisboa
• City: Lisboa
• Postal Code: 1959-007
• Street: Rua Conselheiro Emídio Navarro

Contact

• State/Province: Portugal
• City: Lisboa
• Website: https://www.isel.pt/
• Street: Rua Conselheiro Emídio Navarro, 1
• Postal Code: 1959-007
• E-Mail: nucleo.id@isel.pt